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"난 뭐든지 할 수 있어. 난 뛰어난 기차야" 최고의 철도기관차를 꿈꾸는 꼬마 기관차 '토마스'. 그가 살고있는 소도어 섬에 새로운 구조본부 건물을 짓는 작업이 한창이다. 욕심많은 '디젤'이 골조에 필요한 조비 나무를 나르며 잘난 척을 하다가 벼랑 끝에서 위험천만한 상황을 맞이하고 머리좋은 '토마스'가 그를 구한다. 때문에 뚱보 사장님에게 육지여행을 상으로 받게 된 우리의 '토마스'. 부푼마음으로 신나는 여행을 떠난다.

"난 겁내지 않아. 어떻게 하면 안개섬에서 집으로 갈 수 있을까?" 여행을 떠난 것도 잠시, '토마스'는 바다에 표류하게 되고 자신도 모르는 사이에 비밀스러운 전설을 가진 안개섬에 도착한다. 그곳에서 '토마스'는 '대시', '배시', ' 퍼디난드'라는 새로운 친구들을만나게되고 소도어섬으로 다시 돌아갈 묘책을 함께 고민하게 되는데...