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서기 2천년대의 지구. 메가로폴리스는 항성간의 운행할 수 있는 은하철도의 출발점이자 부의 상징이다. 또한 영원한 생명인 기계의 몸을 가진 부유층만이 향유하는 도시다. 철이 역시 영원한 생명을 얻기 위해 엄마와 함께 열심히 일하지만 기계 백작에 의해 엄마를 잃고 좌절 하고 만다. 복수를 하기 위해 철이는 안드로메다로 떠나는 999호를 타기 위해 승차권을 훔치지만 경찰에 잡히게 된다. 이때 철이의 앞에 메텔이 나타나고 메텔은 자신과 함께 간다면 승차권을 주겠다는 제의를 하고 철이는 메텔과 함께 안드로메다로 떠난다. 여행에서 많은 위기와 어려움을 넘긴 철이와 메텔은 결국 안드로메다에 도착하게 된다. 하지만 여행을 하며 유한한 생명이 가지는 가치를 느끼고 기계인간이 되길 포기한다. 하지만 별의 여왕은 그런 철이를 은하철도 999호와 같이 블랙홀로 던져 버리고 메텔이 전자파를 조작해 철이를 구한다. 그리고는 별을 파괴시키고 999호를 타고 탈출한다. 메텔은 다른 아이의 미래를 안내하기 위해 떠나고 철이는 999호를 타고 지구로 돌아간다.