줄거리
'불의 신, 번개의 신, 얼음의 신을 노하게 하지 마라. 그렇지 않으면 천지는 분노하고 세계는 파멸로 향하리니.' 신기한 포켓몬을 수집하는라단 박사는 환상의 포켓몬 루기아를 수집하기 위해 불의 신 파이어, 번개의 신 썬더 그리고 얼음의 신 프리져를 잠에서 깨운다. 한편 오렌지 제도를 여행하던 지우 일행은 갑자기 불어닥친 폭풍우 때문에 오렌지 제도 맨 끝에 있는 아시아 섬에 도착하게되고 그곳에서 플루라라는 소녀에게 섬의 전설을 듣는다. 우연히 썬더와 함께 라단 박사에게 끌려간 지우와 로켓단은 박사에게 잡혀있는 파이어와 썬더를 구하려다 잠에서 깨어난 환상의 포켓몬 루기아를 만나게 된다. 루기아에게 파이어, 썬더, 프리져를 진정시키지 않으면 세상이 멸망한다는 말을 듣고 폭주하는 그들을 막기위해 불, 번개, 얼음의 구슬을 찾으러 간다. 루기아의 도움으로 세개의 구슬을 모아 신전에 올리고 플루라의 피리소리가 울려퍼지자 파이어, 썬더, 프리져는 제 위치로 돌아간다.