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이카리 신지(碇シンジ)는 EVA 초호기의 파일럿으로 서드 칠드런이라고 불린다. 내향적 성격으로 타인과의 교제에 어려움을 느끼는 14세의 소년. 10년 이상 떨어져지내던 아버지의 명령으로 EVA 초호기에 탑승하여 사도와 싸우게 되었다. 결국은 그런 사도와의 싸움 속에서 자신의 존재 의의를 찾고 타인에게 인정받으려 한다.
한편, 아야나미 레이(綾波レイ)는 EVA 영호기의 파일럿으로 가장 처음으로 EVA 탑승에 적합한 것으로 판정받았던 퍼스트 칠드런. EVA 개발 당초부터 그 전속 조종자로서 훈련을 받아왔다. 말이 없고 거의 감정을 표현하지않는다. 제16 사도 아르미사엘과의 전투에서 자폭. 그후 또 다른 레이가 네르프 본부에 나타난다. 실제로 레이는 보통 인간이 아니라, 대체할 육체가 다수 존재하는 만들어진 존재였던 것. 때문에 생일, 혈액형 등 개인 정보가 모두 불명하다.
소류 아스카 랭글리(惚流·アスカ·ラングレ―)는 EVA 2호기 파일럿으로 세컨드 칠드런이다. 일본과 독일인의 피가섞인 혼혈아. 국적은 미국. 신지와 레이와는 대조적으로, 밝고 능동적인 외향적 소녀. 하지만 실제로는 그녀 또한 컴플렉스를 지니고 있다. 지는 것을 매우 싫어하고 프라이드가 높다. 사도와의 전투 중에 파일럿으로서의 자신을 잃고 정신적인 충격을 입는다.

인류는 2000년 남극에서 빛의 거인을 발견한다. 이 빛의 거인이 바로 제 1사도인 아담이며, NERV(당시는 NERV가 조직되기 전이다)의 상부 조직인 SEELE는 이 거인을 다른 사도들이 각성하기 전에 S2이론을 이용하여 알(卵)의 상태로 환원시키려고 하였다.
그 과정에서 Second impact 라 불리우는 대폭발이 일어나고 남극의 빙하가 녹으면서 각종 천재지변이 발생하여 세계인구는 반으로 격감한다. 하지만 지도층에서는 이 사건을 남극대륙에 대규모의 운석이 떨어져서 일어난 것이라고 날조하고 극비리에 '인류보완계획' 이라는 것을 계획 한다.
그 이후 차례로 각성하여 아담과 접촉하기 위해 나타나는 사도들을 처리하기 위해서 NERV가 조직되고 아스카의 자아붕괴와 레이의 자폭까지 감수하며 제3사도부터 마지막 제 17사도까지의 모든 사도를 파괴한다.