줄거리
어느 날 군사 국가 토르메키아의 비행선이 바람계곡에 추락한다. 비행선엔 거신병의 알이 실려있었는데, 토르메키아는 이알을 부할시켜 지구상의 포자식물과 곤충들을 불로 태워버리고 다시 문명을 일으키려하고 있었다. 이 일을 계기로 크샤나는 군대를 이끌고 바람계곡을 습격하여 나우시카의 아버지를 살해하고, 그녀를 인질로 잡아간다. 하지만 도중에 페지테 전투기의 공격을 받고 포자식물 숲에 추락하게 되고 나우시카는 부해의 비밀을 알게 된다. 포자식물은 지구를 오염시키는게 아니라 지구를 정화시키고 있다는 사실을 사람들에게 알리려하지만 토르메키아군은 거신병을 배양하고 페지테는 토르메키아군을 오무를 이용해 공격한다. 크샤나는 거신병을 움직이려 하지만 오무들만 거세게 밀고들어 온다. 바람계곡으로 돌아온 나우시카는 이들을 막기 위해 자신을 희생하여 오무의 분노를 가라 앉힌다. 오무들은 신비한 능력으로 나우시카를 다시 살아나게 하고 바람계곡 사람들은 나우시카에게 구원자의 모습을 보게 되고 바람계곡에 다시 바람이 불기 시작한다.